O Programa de Pós-Graduação em Química (PPGQ) oferece oportunidade para a formação de Mestres e Doutores nas área de Química com 3 (três) Linhas de Pesquisa: 1) Química de Produtos Naturais, Biodiversidade e Biotecnologia; 2) Química Computacional; 3) Química Aplicada a Energia, Materiais e Métodos Analíticos.
Os alunos do Programa têm acesso a laboratórios de síntese orgânica, produtos naturais, catálise, meio ambiente, ensaios biológicos, analítica, cromatografia, ressonância magnética nuclear e computação, todos possuindo equipamentos modernos adquiridos através de projetos individuais, institucionais, ou em colaboração entre o corpo docente, financiados pelo CNPq, CAPES, PRONEX, FINEP, FAPESPA e fundações internacionais de fomento à pesquisa.